pegi3s/qualimap

QualiMap Docker镜像说明

该镜像属于Bioinformatics Docker Images Project（http://pegi3s.github.io/dockerfiles）的一部分（原软件许可证仍适用）。

镜像概述

本镜像封装了QualiMap工具（[***]），这是一个跨平台应用，用于简化测序数据比对结果的质量控制流程。

核心功能

支持多种实验类型的质量控制：

• 全基因组测序（Whole-genome sequencing）
• 全外显子组测序（Whole-exome sequencing）
• RNA-seq
• ChIP-seq

包含以下分析工具：

• bamqc：评估NGS数据与参考基因组的比对质量
• rnaseq：RNA-seq比对数据评估
• counts：计数数据分析（RNA-seq进一步评估）
• multi-bamqc：多组NGS比对QC报告对比
• clustering：表观基因组信号聚类
• comp-counts：计算特征计数

使用场景

适用于生物信息学领域，对测序数据的比对结果进行质量评估，帮助研究人员判断数据质量是否符合后续分析要求，如基因组变异检测、基因表达分析等。

配置说明

Linux下运行命令

基础命令格式：

bash
docker run --rm -v /你的数据目录:/data docker.xuanyuan.run/pegi3s/qualimap qualimap <工具名> <参数>

替换说明：

• /你的数据目录：指向包含输入文件的本地目录
• <工具名>：选择上述核心功能中的工具（如bamqc）
• <参数>：工具的具体参数，输入/输出文件需以/data/开头

示例（使用bamqc分析HG00096.chrom20.bam）：

bash
docker run --rm -v /你的数据目录:/data docker.xuanyuan.run/pegi3s/qualimap qualimap bamqc -bam /data/HG00096.chrom20.bam -c -nw 400 -hm 3

运行QualiMap GUI

在Linux下启动GUI：

bash
docker run --rm -ti -e USERID=$UID -e USER=$USER -e DISPLAY=$DISPLAY -v /var/db:/var/db:Z -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix -v $HOME/.Xauthority:/home/developer/.Xauthority -v "/你的数据目录:/data" docker.xuanyuan.run/pegi3s/qualimap qualimap

若失败，可先执行xhost +授权。

测试数据

测试用的比对文件可从以下链接获取：HG00096.chrom20.bam