openeuler/kb_python
openeuler
openeuler/kb_python是基于openEuler的kb-python容器镜像，提供kallisto|bustools单细胞RNA-seq预处理工作流的Python封装，支持转录组索引构建、伪对齐、计数矩阵生成等功能，无需单独安装依赖。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：openeuler仓库类型：镜像最近更新：19 天前
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镜像概述
openeuler/kb_python是官方kb-python Docker镜像，由openEuler CloudNative SIG维护。kb-python是kallisto|bustools单细胞RNA-seq预处理工作流的Python封装，旨在简化生物信息学分析流程。若需帮助，可联系openEuler CloudNative SIG或openEuler社区。
核心功能
- 基于基因组FASTA和GTF注释文件构建转录组索引（kb ref）
- 对单细胞FASTQ文件进行伪对齐和计数矩阵生成（kb count）
- 从伪对齐结果中提取基因/转录本读取数据（kb extract）
- 内置多种测序技术预设（10xv2、10xv3、Drop-seq、SMART-seq等）
- 捆绑kallisto和bustools二进制文件，无需单独安装
- 支持通过kb compile源码编译kallisto和bustools以实现自定义构建
- 提供常见模式生物的预构建参考索引
- 支持单细胞RNA-seq定量和RNA velocity估计的统一工作流
使用场景
适用于单细胞RNA-seq数据预处理、基因表达定量、RNA velocity分析等生物信息学研究场景，帮助科研人员高效处理单细胞测序数据。
配置说明
镜像标签由kb-python版本和基础镜像版本组成，例如0.30.2-oe2403sp3表示基于openEuler 24.03-LTS-SP3的kb-python 0.30.2版本，支持amd64和arm64架构。
支持的标签及Dockerfile链接
| 标签 | 版本信息 | 架构 |
|---|---|---|
| 0.30.2-oe2403sp3 | kb-python 0.30.2 on openEuler 24.03-LTS-SP3 | amd64、arm64 |
使用指南
- 确保已安装Docker（Windows用户需使用Linux容器模式）
- 拉取镜像：
bashdocker pull docker.xuanyuan.run/openeuler/kb-python:{Tag}
- 启动容器进入kb-python环境：
bashdocker run -it docker.xuanyuan.run/openeuler/kb-python:{Tag}
- 验证安装：
bashkb info
问题反馈
若有疑问或需要特殊功能，可在openeuler-docker-images提交issue或pull request。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 kb_python 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/openeuler/kb_python:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull openeuler/kb_python:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"