noahhomes/r-mkl-notebook

r-mkl-notebook

基于jupyter/r-notebook的镜像，增强了MKL加速能力与GCS存储挂载功能。

镜像概述

本镜像以jupyter/r-notebook为基础，添加了多项增强特性，旨在提升数据科学计算性能并简化云存储访问。

核心功能

• R语言的MKL加速支持
• Python numpy库的MKL加速支持
• 通过fuse挂载GCS存储的能力

使用场景

适用于需要高性能计算的数据分析、机器学习建模任务，以及需要访问GCS云存储数据的场景。

配置说明

快速启动

方法1：使用Makefile

克隆仓库后，可使用以下指令：

• make up：启动Notebook
• make down：停止Notebook
• make pull：拉取最新镜像版本
• make bash：在运行中的容器内执行bash shell

方法2：直接使用Docker

bash
docker run -p 8888:8888 docker.xuanyuan.run/noahhomes/r-mkl-notebook

GCS存储挂载配置

以下是helm jupyterhub/jupyterhub图表的配置片段，用于挂载GCS存储：

yaml
hub:
  extraConfig: |
    from kubernetes import client
    def modify_pod_hook(spawner, pod):
        pod.spec.containers[0].security_context = client.V1SecurityContext(
            privileged=True,
            capabilities=client.V1Capabilities(
                add=['SYS_ADMIN']
            )
        )
        return pod
    c.KubeSpawner.modify_pod_hook = modify_pod_hook
singleuser:
  uid: 0
  gid: 0
  serviceAccountName: your-jupyter-sa  # 需创建并赋予GCS桶访问权限的服务账号
  extraEnv:
    GRANT_SUDO: "yes"
    JUPYTER_ENABLE_LAB: "yes"
  profileList:
    - display_name: "R Notebook"
      description: "Python & R with MKL acceleration"
      kubespawner_override:
        image: noahhomes/r-mkl-notebook
        cmd: ["start.sh", "start-singleuser.sh", "--allow-root"]
  lifecycleHooks:
    postStart:
      exec:
        command: ["mount-gcsfuse.sh", "your-data-bucket"]  # 替换为你的GCS桶名
    preStop:
      exec:
        command: ["fusermount", "-u", "/home/jovyan/your-data-bucket"]
  storage:
    extraVolumes:
      - name: fuse
        hostPath:
          path: /dev/fuse
    extraVolumeMounts:
      - name: fuse
        mountPath: /dev/fuse