nanozoo/gubbins
nanozoo
基于sanger-pathogens/gubbins项目的Docker镜像，用于细菌基因组重组区域识别及系统发育树构建，支持版本v2.3.4，遵循GPL-2.0许可证。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：nanozoo仓库类型：镜像最近更新：3 年前
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gubbins Docker镜像文档
镜像概述
本镜像基于https://github.com/sanger-pathogens/gubbins%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E6%9E%84%E5%BB%BA%EF%BC%8C%E7%89%88%E6%9C%AC%E4%B8%BAv2.3.4%E3%80%82gubbins%E6%98%AF%E4%B8%80%E6%AC%BE%E7%94%A8%E4%BA%8E%E7%BB%86%E8%8F%8C%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E5%88%86%E6%9E%90%E7%9A%84%E5%B7%A5%E5%85%B7%EF%BC%8C%E4%B8%BB%E8%A6%81%E5%8A%9F%E8%83%BD%E4%B8%BA%E8%AF%86%E5%88%AB%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E4%B8%AD%E7%9A%84%E9%87%8D%E7%BB%84%E5%8C%BA%E5%9F%9F%E5%B9%B6%E8%BE%85%E5%8A%A9%E6%9E%84%E5%BB%BA%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E5%8F%91%E8%82%B2%E6%A0%91%E3%80%82%E9%95%9C%E5%83%8F%E7%94%B1Christian%E7%BB%B4%E6%8A%A4%EF%BC%8C%E9%81%B5%E5%BE%AAGPL-2.0%E5%BC%80%E6%BA%90%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E3%80%82
核心功能与特性
- 重组区域识别：通过分析细菌基因组序列，识别可能的重组事件及相关区域
- 系统发育树构建：结合重组区域信息，生成更准确的细菌系统发育树
- 版本支持：集成gubbins v2.3.4版本，确保功能稳定性与兼容性
使用场景
- 微生物基因组学研究中细菌进化分析
- 细菌种群结构及传播路径研究
- 耐药基因传播机制分析
- 细菌基因组重组事件相关科学研究
使用方法
基本使用（docker run）
bashdocker run -v /本地数据目录:/data docker.xuanyuan.run/gubbins:2.3.4 gubbins [参数] /data/输入文件
参数说明（参考gubbins官方文档）
- 输入文件：通常为多序列比对文件（如FASTA格式）
- 常用参数：
--prefix指定输出文件前缀，--tree指定初始系统发育树文件等
数据持久化
通过 -v 参数挂载本地目录至容器内 /data 目录，实现输入数据读取与输出结果保存。
许可证信息
本镜像遵循GPL-2.0许可证，详细许可条款可参考https://www.gnu.org/licenses/old-licenses/gpl-2.0.html%E3%80%82
更多信息
完整技术文档可参考Dockerwiki：version_control.html
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull nanozoo/gubbins:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"