nanozoo/gtdbtk

GTDBTk v0.3.2 Docker镜像文档

镜像概述

本镜像包含GTDBTk（Genome Taxonomy Database Toolkit）v0.3.2版本，基于GitHub项目https://github.com/Ecogenomics/GtdbTk%E6%9E%84%E5%BB%BA%E3%80%82GTDBTk%E6%98%AF%E4%B8%80%E6%AC%BE%E7%94%A8%E4%BA%8E%E5%BE%AE%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E5%88%86%E7%B1%BB%E7%9A%84%E5%B7%A5%E5%85%B7%EF%BC%8C%E9%80%9A%E8%BF%87%E4%B8%8E%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E5%88%86%E7%B1%BB%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%EF%BC%88GTDB%EF%BC%89%E6%AF%94%E5%AF%B9%EF%BC%8C%E5%AE%9E%E7%8E%B0%E7%BB%86%E8%8F%8C%E5%92%8C%E5%8F%A4%E8%8F%8C%E7%9A%84%E7%B3%BB%E7%BB%9F%E5%8F%91%E8%82%B2%E5%88%86%E7%B1%BB%E5%8F%8A%E5%88%86%E7%B1%BB%E5%8D%95%E5%85%83%E5%88%86%E9%85%8D%E3%80%82

核心功能与特性

• 基因组分类：基于基因组序列进行细菌和古菌的分类
• 系统发育分析：构建基因组系统发育树，辅助分类单元确定
• 分类单元分配：依据GTDB标准为微生物基因组分配分类单元（界、门、纲、目、科、属、种）
• 版本稳定：基于v0.3.2版本构建，确保分析结果的一致性

使用场景

• 微生物基因组测序数据分析
• 环境微生物样本分类研究
• 微生物分类学研究与新物种鉴定
• 微生物基因组数据库构建

使用方法

基本运行命令

bash
docker run -v /path/to/input:/data -v /path/to/output:/output docker.xuanyuan.run/gtdbtk:0.3.2 gtdbtk classify_wf --genome_dir /data --out_dir /output

• -v /path/to/input:/data：挂载输入基因组文件目录
• -v /path/to/output:/output：挂载输出结果目录
• classify_wf：GTDBTk的分类工作流命令

许可证

本镜像遵循GPL3许可证，详情参见https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html%E3%80%82

维护者

Christian

参考链接

• Dockerwiki文档：version_control.html
• 官方GitHub项目：https://github.com/Ecogenomics/GtdbTk